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（一）管理体制不同。
行政和事业单位均履属于各级政府管理。如：国务院，各级省、市、县和区政府等。而企业大都是自立门户，几乎没有什么“主管领导或者上级部门”（国有企业和行业协会代管的除外）。
（二）会计规定不同。
行政、事业单位必须按照《行政单位会计制度》、《行政单位财务规则》和《事业会计准则》及《事业单位财务规则》进行会计核算和财务管理。而企业必须按照《企业会计准则》、《企业财务通则》和《小企业会计准则》及相关补充规定进行会计核算和财务管理。
（三）核算方法不同。
行政、事业单位大都采用的是财政内网统一的财务软件系统做帐；而企业单位则可以自行选择各种适合自身特点的财务软件，如：用友、金蝶、讯达、奥林岛和小蜜蜂等或者是仍然选用手工记帐。
（四）财务管理有差异。
行政、事业单位对收入、支出的确认一般都实行“收付实现制”，固定资产大都不提折旧（自收自支和企业化管理的事业单位除外）；而企业单位则必须按照《企业会计准则》、《企业财务通则》和《小企业会计准则》及相关补充规定进行会计核算和财务管理。
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