一是规章制度待完善。系统运行后，人民银行会计业务管理工作发生很大变化，原有的一些规章制度已经不再适用，导致会计人员办理业务缺乏统一的规章制度，影响了会计业务的规范化管理。
二是岗位职责待规范。系统及操作规程未规定操作人员岗位职责，各地自行制定的岗位职责不尽统一，不利于上级行实行统一管理。
三是自身损益难掌握。由地市中心支行和辖属县支行共同使用系统设置的统一费用账户，网点却不能即时查询本网点费用账户余额信息，难以及时发现录入错误。同时，由于利息支出统一由核算中心记账，县支行生成打印的损益表中没有反映，难以全面、准确掌握自身的损益状况。
四是往账风险难防范。网点发生的联行业务生成联行往账信息后，上传核算中心联行柜，由联行柜添加相关信息后生成和发出联行业务。由于网点持有业务的原始凭证，联行柜无法对接收的网点信息进行核对，资金风险难以在日常核算过程中进行有效控制。五是记账凭证难适用。系统的记账方式改为“一记双讫”，所有相关业务（表外及特殊业务除外）实行借贷双方同时等额记账，生成一个流水号，且系统要求需录入的凭证要素变化较大。因此，目前沿用的许多单式记账凭证的格式、要素等不能满足业务的实际需要。
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