会计核算是一切财务工作的基础，合并高校财务的实质性合并中一个重要的内容是如何有序、高效地开展会计核算。然而，实践中合并高校的会计核算却面临诸多的问题和困难。
一是资金拨款渠道不同。合并前的各校隶属关系不同，分别属于中央、省、地方管理，资金拨款渠道不同，并且由于在合并后较长的一段时期内资金的拨款渠道不会变，而不同级别主管部门对财务信息的需求不同，这就要求新的会计核算体系要能满足不同级别的财政预算管理的要求。
二是核算模式不同。合并前各校的规模大小不一，管理体制不同，会计核算模式也不尽相同。规模较大、业务量大的学校可能实行“集中管理、分级核算”或“分级管理、分级核算”，并已实现会计电算化核算；规模较小、业务少的学校则可能实行“集中管理、集中核算”，而且仍停留在手工做账阶段。
三是财务制度不一致。由于合并前各高校的财务是各自独立的，各校结合自身情况都有一套适合自身的财务管理、会计核算制度，选用不同的财务软件，设置不同的会计科目及账务体系，各校区原有财务人员也形成了各自不同的账务处理习惯及参差不齐的会计职业判断能力，这给合并高校“统一政策、统一制度”和财务数据的合并带来了极大的困难。
四是校区多且分布分散，总体业务量大但各校区工作量分布不均衡。合并后的高校基本上都存在校区相对分散的情况，加大了统一进行会计核算的难度。合并高校规模基本上都是成倍扩大，加之会计核算工作的逐步规范，导致核算的总体业务量也成倍扩大，但各校区日常会计核算的工作量分布却极度不均衡。
五是会计人员素质高低不一，情况不熟悉。由于会计人员来自不同的学校，素质高低不一，且受原有会计制度、政策的影响已形成了一定的思维方式和账务处理的“惯性”，对除各自原校区以外的校区情况不熟悉，如果在这样的状况下就匆忙上阵，将导致所获得的会计信息一定程度上难以真实反映财务情况。
面对合并中存在的诸多摩擦和矛盾，高校要迅速完成账务合并，有序地开展会计核算工作，实现会计核算的平稳过渡，应立足于学校长期发展的需要，充分考虑原来各高校的历史情况，坚持“尊重历史、立足现实、实事求是”的原则。具体可从以下几个方面着手开展工作。
一、因校制宜，建立科学合理的会计核算模式
目前各高校普遍实行的核算模式主要有集中核算模式和两级(多级)核算模式。在集中核算模式下，学校的全部资金由学校集中核算，二级学院和学校各职能部门不设账，财务处设在有关校区的财务办公室负责办理校内各单位发生的会计业务。实践表明，在合并之初采用集中核算模式不但有利于集中财力、合理调度资金，更有利于进行及时的会计分析，为决策提供更加全面准确的财务信息。但是，这种模式会带来缺乏对会计人员的全面管理、服务不到位、弱化对基层的财务监控等一系列的问题，特别是如果将原来由二级财务进行核算的部分收归为一级核算，极有可能会挫伤个别二级单位自觉加强财务管理的积极性。因此集中核算模式较适合规模不太大、管理层次不多的合并高校。
如果学校的规模较大，一级财务机构可以根据事权与财权相结合的原则和工作的需要，在校内教学、科研、后勤、校办产业、科研开发及基建等部门设置财务机构作为二级核算单位，设立二级财务机构作为财务处的派驻机构，负责本级部门的会计核算工作。这种模式有利于明确责权利，保证财权与事权相结合，但是在操作中应充分重视各级之间权限的划分，尤其要防止由于权限划分不明造成“权利真空”现象，妨碍高校资金运动、资金循环的正常进行。
二、多管齐下，做好财务实质性合并中会计核算的基础工作
(1)选择财务软件。高校财务实质性合并的“五统一”要求统一财务核算软件。优秀的财务软件可以优化管理资源，提高会计人员的工作水平和工作效率，从而实现科学、规范的管理。因此在财务软件的选择上，应尽可能选择通用性强的软件，选择核算和管理功能兼备的软件，选择具有网络功能和多校区、多账套核算功能的软件。
(2)科学合理的设置会计科目和账簿。会计科目和账簿的设置是会计核算和实施预算管理的基础，在设置的过程中应结合学校实际，明确科目核算的内容和范围，统一和明确各经济责任部门的编号和项目编号。设置完成后的会计科目和账簿应达到下述要求：能满足不同级别的财政预算管理的要求；能满足校内各级管理层次对经费核算、财务信息需要的要求；充分考虑原来各校的情况，保证会计信息的可比性和统一性；充分考虑合并后在接受各级各类部门检查中数据统计过程中的可操作性和高效性。
(3)实施账务合并。由于原有各校的财务数据存在口径不一致等问题，财务合并应在财务清算的基础上，在新设置的统一的会计体系下，结合数据形成的历史原因认真分析，按新制度将数据尽可能合理地并入新设置的适当的会计科目中。有条件的，摘要应尽可能详尽，特别是往来款项应尽可能注明最原始的发生日期，以利今后工作的开展。账务合并的形式可以采用以表代账，并表不并账，也可以既并表又并账；对数据量小的，也可利用原各校的科目余额表直接将数据输入账务系统，完成数据的初始化工作。但无论采用哪种形式，都必须在统一的核算口径下进行。
三、机动灵活，适应高校财务实质性合并工作需要
(1)办公网点的设置和安排。办公网点的设置和安排问题直接影响到工作能否有序、高效地开展。由于条件的限制，合并高校在合并之初无法实现各校区之间的联网。为了保证业务质量，首先，主校区在合并之初可以将的核算业务分为日常经费(不包括维修)、日常维修、基建、人员经费、后勤实体等几类分别办理，经过一定的磨合后，为方便教职工办理业务，除单设基建、人员经费和后勤实体核算岗外，其他所有审核人员应办理所有的审核业务；其次，在尚未实现联网的其他校区，为方便教职工办理业务，审、复核人员对所有的业务只进行初步处理，待一周结束后汇总并，统一录入计算机系统，进一步处理，第三，为了提高工作效率、节约成本，对业务量较小的校区可按约定的日期派出会计人员进行“流动作战”。这种模式有利于提高服务质量，方便教职工报账、算账，也有利于人员管理，规范会计行为，但同时也暴露出一些由于信息不通畅带来的弊端。
(2)设立总复核和总稽核。针对核算人员业务处理习惯不同、口径不一致的问题，考虑设立总复核和总稽核。即从现有人员中挑选业务全面、综合能力强的人员担任总复核和总稽核，其他人员制作的凭证首先需经总复核通过后才能进入付款环节，对复核过程中发现的由于核算口径不一致问题应及时予以修正。或在定期进行的业务讨论会上讨论后统一口径。事后，所有的业务单据还要通过总稽核的再次检查，对核算口径再次规范统一。实践表明，采用总复核替代原有的对审对复，对统一核算口径可起到很明显的效果，但这一方面对总复核人员提出了更高的要求，另一方面在核算业务量大、时间有限的情况下，这种方式无法提高工作效率，因此在磨合期结束后，可考虑其他的审、复核方式。
四、加强队伍建设，不断提高人员素质
财务实质性合并要求每位会计人员必须全面熟悉各自分管事项的经济内容、经济用途，按照新的制度、新的核算体系对有关业务进行全面、准确的会计核算，但是要改变每个人多年形成的固有思维模式和业务处理习惯必然是一个艰巨而漫长的过程，因此应重视队伍的建设，有计划、有组织、有重点地开展人员培训。
培训和学习的形式可以多样化，除了通常采用的“上岗”前集中培训、脱产进修、继续教育等方式，合并高校在财务实质性合并过程中特别是“磨合期”应高度重视在工作过程中的学习和提高。首先，针对合并中层出不穷的困难矛盾和新情况、新问题，可定期召集财务人员会议，汇总、研究、分析、讨论工作中遇到和发现的问题，达到解决问题、促进交流、统一认识、加深理解的效果。其次，采用轮换工作岗位的方式，让所有的财务人员在各个校区以及各种性质的岗位之间进行轮换也是进行人员培训的一种很好的方式。这样不但提高了人员素质，更加快和解决了原有各校会计处理方式上的互相磨合。此外，应鼓励财务人员搞科研、写论文，对工作中的问题提合理化建议，凡是建议被采纳、论文公开发表或有独到见解的都给予适当奖励，这在一定程度上可以激发学习的兴趣和积极性，提高财务人员的业务理论水平。
培训的内容应该尽可能涉及工作的各个方面。首先应进行财务软件的培训，现在的财务软件中都融入了会计、财务、管理等先进的技术和方法，结合应用的软件培训是实现会计信息化的正常运行的前提。其次应进行新的核算体系的培训，正常有序的核算离不开对核算科目、项目的准确理解和使用，现有的财务人员都习惯了原有的科目和项目，因此在培训中应结合预算控制明确各科目核算的内容和范围以及在使用中应注意的问题。最后，为统一会计行为，应进行新制度的学习和培训，其中又尤以财务审批制度、差旅费报销制度为重点。
财务实质性合并是高校合并的内在要求，实施统一的会计核算是财务实质性合并的基础之一，也是合并高校实现快速合并、平稳过渡的基础之一。不同合并高校的情况不同，因此在具体实施的过程中并没有一成不变的成功经验可照搬，广大的高校财务工作者必须结合自身实际进行卓有成效的探索性的甚至是创造性的工作，为高校的健康发展献计献策。
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