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经典分类鉴定指标主要包括形态学指标，生理生化反应指标，生态特性指标等在现代微生物分类中应用了一下几种新方法新技术有些是方法，有些是思路或技术1通过核酸分析鉴定微生物的遗传型1DNA碱基比例。
二生物技术在食品检测中的应用 生物技术在食品检测中的应用，表现在食品中微生物转基因成分等对人体有毒有害物质的检测例如借助细菌学血清学方法可以检测食品中是否含有致病菌，但是这些传统生物技术方法操作繁琐，耗时较长，目前应用。
与传统微生物发酵技术相比，现代微生物技术无论从应用范围还是生产效率上都有极大的进步 首先在对生产菌种的认识上，现代微生物技术有了更加科学的了解传统自然发酵中的微生物体系成分复杂，单一菌种发酵活力较低，不适合。
微生物制药技术是工业微生物技术的最主要组成部分微生物药物的利用是从人们熟知的抗生素开始的，抗生素一般定义为是一种在低浓度下有选择地抑制或影响其他生物机能的微生物产物及其衍生物有人曾建议将动植物来源的具有同样生理活性的。
农业微生物， 主要是指与农业生产种植业养殖业 农产品加工农业生物技术及农业生态环境保护等有关的应用微生物的总称农业微生物产业， 就是利用农业微生物资源及其工 程技术实现产业化的工业型农业其科学基础是“。
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