此次刑诉法的修改，是我国刑事诉讼制度的重大调整。在公诉制度中，不再使用免予起诉，扩大了不起诉的范围，因此对于不起诉制度的进一步健全和完善就显得尤其重要。不可否认，新刑诉法对不起诉制度的规定虽较为全面，但仍然过于粗疏和原则，司法实践中操作起来尚欠具体，不够细致。随着理论的发达和立法经验的丰富，不起诉制度仍需在实践中进一步发展和完善。笔者认为，以下一些问题是完善不起诉制度需要注意的：
（一） 绝对不起诉适用的情形
检察机关对具有《刑事诉讼法》第15条规定的情形之一的，应当作出不起诉决定。那么，我们研究《刑事诉讼法》第15条规定的六种不追究刑事责任的情形就会发现，这六种情形法律后果相同，但行为本身的性质不予追究的原因各异。第一种情形属一般违法行为，尚未构成犯罪，不予追究是理所当然的，后五种情形以存在犯罪为前提，因客观上出现某种无须追究的特殊情况，因而法律作了不予追究的特殊规定。这样，绝对不起诉的情形有两大类，一是构成犯罪的一般违法行为，二是某种特殊犯罪行为，这里立法上就忽略了合法行为或者未实施危害社会行为的情形。在这两种情形下，公安机关如果把合法行为的实施者，如正当防卫，紧急避险，或者把没有犯罪行为的人错误的立案、侦查的，对这样的无辜者不起诉是无疑的。但检察机关作出不起诉的法律依据却没有，因为《刑事诉讼法》第15条中的六种情形中不含这两种情形。鉴于此，建议《刑事诉讼法》第15条应增加“行为合法的或未实施危害社会行为的”为绝对不起诉的情形，弥补立法上的漏洞[14]。
（二）司法机关进行复议和申诉
新刑诉法规定，公安机关认为不起诉决定有错误时，可以要求复议，如果意见不被接受，可以向上一级人民检察院提请复核；被害人不服，可以向人民检察院申诉。但不难看出，刑诉法只是这样原则规定了检察机关进行复议，复核、复查申诉，比较笼统和粗疏，至于检察机关进行复议、复核和复查申诉时具体的一些操作程序和要求，比如检察机关应当遵守的期限，对复议、复核和复查申诉后的答复方式和要求均未作细致规定，这样就不利于司法实践的操作。为了保障检察机关的正确复议、复核和复查申诉，建议有关细则增加这方面的规定。与此相应，新刑诉法也只是原则规定了公安机关可以复议、复核，那么，公安机关作为司法机关，其提出复议、复核也应有合理的期限，对此应予明确，这里的问题与上面的差不多。刑诉法对此应规定的具体细致，这样才使不起诉制度更加完善和易于操作。
（三）建立不起诉的公开审查制度
不起诉公开审查制度，也有的地方称“不起诉听证制度”，是指人民检察院对于拟作不起诉处理的案件，以一定形式听取有关人员的意见，并向社会公开的一种工作制度。从现实的情况看，有两点因素使检察机关有必要实行这项改革:一是社会上有一种观点认为，人民检察院作为法律监督机关，自身还缺乏监督;二是人民群众对公正的要求比较高。具体到公诉工作中，由于公诉干警的总体素质还不能适应法治发展的要求，执法水平还不够高，在工作中出现这样那样的错误还难以避免，询私舞弊等违法办案现象也时有发生。如果不采取一定措施促进公诉工作的公正，就难以提高检察机关在人民群众中的公信度，从长远看不利于检察事业的发展。不起诉是公诉干警违法违纪的主要环节。增进不起诉工作的公开程度，有利于保障公诉环节的司法公正，防止违法违纪现象的发生。另一方面，实行不起诉公开审查也符合刑事诉讼法的立法精神刑事诉讼法第139条规定:“人民检察院审查案件，应当讯问犯罪嫌疑人，听取被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人的意见。”而不起诉公开审查主要是听取当事人及其委托人的意见。可见，不起诉公开审查正是贯彻执行刑事诉讼法上述规定的一项具体措施，并没有超越法律赋予的权限，也没有改变法定的办案程序或者引起检察职权的增减或变更，符合司法活动的合法性原则 。2000年4月，最高人民检察院在广州组织召开了有十一个省市检察院起诉部门负责人参加的不起诉案件公开审查观摩暨调研会。从会上有关单位介绍的情况看，实行不起诉公开审查的形式不尽统一，虽然切实贯彻了公开原则，但大多采取了比较复杂的程序。不起诉公开审查的具体形式应当允许各地探索，但要坚持合法原则和公正与效率兼顾的原则，为此应当明确以下几点;第一、不起诉公开审查的目的，是为了充分听取侦查机关(部门)和犯罪嫌疑人、被害人以及犯罪嫌疑人、被害人委托的人等对案件处理的意见，为人民检察院对案件是否作不起诉处理提供参考。不起诉公开审查的方式，应当与这一目的相适应。第二、对适用公开审查的案件范围要进行必要的限制，原则上只适用于当事人对不起诉处理有争议或者在当地有较大影响、社会关注的案件。从诉讼经济出发，没有必要对所有不起诉案件都实行听证。在决定不起诉公开审查前，人民检察院应当听取当事人主要是被害人的意见，如果当事人对不起诉有争议，可以进行不起诉公开审查。如果当事人没有争议，但是社会各界对该案比较关注，为了争取比较好的社会效果，也进行公开审查。除这些情况以外，一般可以按照法定程序办理后迁行决定不起诉，没有必要进行公开审查。从不起诉的性质看，对拟作证据不足不起诉决定案件的不宜进行公开审查，因为这类案件证据有缺陷，检察机关将来还有再起诉的可能，进行公开审查将可能使犯罪嫌疑人了解案件证据存在的缺陷，影响未来可能的侦查和起诉工作。对拟作法定不起诉决定的案件，一般可以不进行公开审查，因为这类案件事实比较清楚，而且法律规定也很明确，但如果被害人有异议，认为不具备法定不起诉的适用条件，也可以进行公开审查。按照法律规定属于不公开审查的案件，不能进行公开审查。也就是说，涉及国家秘密、个人隐私的案件，审查程序和内容不便公开，只将不起诉决定公开宣布。未成年人犯罪的案件，也不宜进行公开审查。第三、公开审查应当采取灵活、简便的方式进行。对拟作不起诉决定的案件进行公开审查时，要允许关注该案的群众和公安机关等有关部门人员旁听，可以邀请人大代表、政协委员、特约检察员等人士参加;经人民检察院许可，新闻记者可以旁听和采访;根据案情或者当事人请求，可以邀请有关专家及与案件有关的人参加;对于涉及国家财产、集体财产遭受损失的案件，可以通知有关单位派代表参加。程序上主要是听取当事人、辩护人、诉讼代理人的意见，不出示证据，不进行辩论，不能采取类似庭审的程序。第四、对拟作不起诉处理的案件公开审查后，应当制作不起诉公开审查报告。报告中应当重点写明公开审查过程中各方一致性意见或存在的主要分岐，并提出提起公诉或不起诉的建议，连同公开审查笔录，呈报检察长或者检察委员会，作为案件是否决定不起诉的参考。至于进行不起诉公开审查是否应事先征得当事人同意。一般认为，不起诉公开审查在试点阶段不宜采取强制的形式，毕竟法律对不起诉公开审查没有明确规定，当事人可能不理解甚至不愿意参加，如果强制当事人参加，反而会影响公开审查的社会效果，因此，在不起诉公开审查前，原则上应征得当事人的同意。不起诉公开审查制度如发展成熟，可先以司法解释的方式固定下来，以后再纳入法律之中。
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