１ 政府定价的“大福利”与科室核算的“小利益”之间的矛盾
非营利性医疗机构是由政府投资建立的，是具有一定福利性质的公益性事业单位，因此,服务项目及收费标准理应由政府制定。政府在制定医疗服务项目收费标准时，不仅要考虑医院的发展，更多的还要考虑普通百姓的承受能力。为了保障人民的基本医疗需求，政府制定收费价格要考虑到百姓的实际，即从社会这个“大福利”角度出发，同时医院的福利性质也要求其承担一部分社会义务，不能单纯以盈利为目的，因此,制定的医疗服务收费标准基本上是服务成本，有些基础性医疗服务项目甚至定价在成本以下，但总体收费水平仍能维持医院的正常运转。这种定价的差别考虑，使科室在成本核算中考虑自己的“小利益”时出现了问题。
我们知道，实行成本核算仅核算科室成本有多少没有什么实际意义，还要核算与成本相匹配的收入，确定出科室的盈余，而如何激励科室增收节支，除了加强监督管理，还必须通过奖金分配这种最直接、费用成本最低也最有效的手段。科室的奖金一般是以科室收入扣除成本后，按一定比例进行提取(不少医院还会将服务态度、医疗质量等考核指标列入其中以进行综合评估，但所占比重有限，且大多是软指标)，这样就存在有些科室由于开展的医疗服务项目定价偏低，即使工作努力，节约消耗，但由于收入不高，使得奖金偏低，他们的积极性受到挫伤，感到不公平，因此,不断向医院领导提意见；而有些科室，提供的医疗服务项目定价高，收入高，为防止奖金太高医院封顶，并不太注重成本的节约。在全院实行成本核算时如何剔除物价因素，做到公平合理，实际操作起来难度很大。
２ 科室更多追求经济效益与医院兼顾社会效益的矛盾
非营利性医院的性质，要求医院应坚持以病人为中心的办院方向，既要讲求经济效益，还要注重社会效益，这是医院长远发展的基础，也是改革的出发点。但在实行成本核算的过程中，科室片面追求经济效益、短期效应，经常会出现一些负面现象：对于那些虽社会效益好，但经济效益差的项目，科室开展起来就缺少积极性，比如在手术科室，医生们愿意做那些用时少、收费高、消耗低的手术，而对那些用时很长，使用很多人力，消耗很多材料，但收费有限的项目积极性不大；在病区，为了给病人提供舒适的就医环境，医院给每个病区设立了陪护椅，使病人陪护能有个休息的地方，由于按物价部门的定价，陪护椅不能收费，而椅子坏了维修费用需科室承担，因此,有些病区干脆将椅子收起，不让使用，甚至有些科室的门窗坏了也不及时报修等等，这种结果是完全有悖于实行成本核算初衷的，不仅伤害了病人的利益，也会影响医院的长远利益，因此,如何加强监督管理，减少此类现象的发生，是医院在开展成本核算的同时需同步解决的问题。
３ 现实中存在的非营利性医院的人事制度改革与成本核算不配套引发的问题
人员费用占科室成本的较大比例。实行成本核算就是为了达到减员增效的目的，但目前非营利性医院的人事制度改革却相当滞后，如何科学地定岗定编，如何较好地处理科室交上来的富余人员，是人事制度改革的难点。一般来讲，１名临时护士月工资５００元，１名后勤临时工月工资３００元，他们没有奖金，其他福利不会高于正式职工，由于随时会被解雇，时时有危机意识，干活勤快，不惹事生非，易于管理；而正式职工，虽然聘用制已实行了几年，但在非营利性医院这种事业单位，除非犯有大错，否则一般不会被除名，仍有比较稳定的饭碗，危机意识不强，１名医院的正式职工月工资平均１４００元左右，还有其他福利补贴。实行成本核算后，临床科室，特别是后勤部门，都存在宁愿要临时工也不愿要正式工的现象。对医院管理者来说，从长远角度考虑，不会同意科室太多的临时人员代替正式职工，通过制定相关的制度规则，达到限制临时工用数的目的，但对于科室上交的富余人员如何安置，医院领导颇费心思。这些人员的安置也给人事管理方面带来较大困难。
４ 后勤如何加强管理，以适应成本核算提出的更高要求也是亟待解决的难题
医院成本核算分院级成本核算和科室成本核算，在实行科室成本核算时存在间接费用的分摊问题。然而，由于医院设置，许多建筑的设计达不到每个科室安１个水电表的要求，因此，医院的水电费必须按一定方法进行分摊。常用的方法是按人员分摊，带来的结果是科室之间核算的不公平，有的科室如手术室、肾透析室用水量很大，磁共振室等使用大型电子仪器的科室用电量很大，而放疗科、中医科等，用水很少，用电也很少。按人员分摊显得不太合理，也起不到节约用水用电的目的，如按收入分摊也和实际耗费有较大差距。后勤水电管理部门如何比较准确地提供出各科室的实际用量还需多做研究。目前，大多数医院在实行成本核算时，对于科室的维修费采取的是医院内部结算方式，即参考市场价格，制定出医院后勤部门进行维修时每项服务的内部结算价格，当后勤部门为医疗部门提供服务时，按结算价计入科室成本，同时算做后勤部门的收入。在实际操作中我们发现，首先是制定一个临床科室、后勤科室都满意的内部结算价格都很困难，实际运行中经常出现科室对维修费花费不认可，以及对维修质量提出异议，需医院派出人员进行仲裁，耽误了不少人力和时间；其次也存在维修部门以经济利益为重，一切向钱看，维修费用高的就去修，反之就互相推诿，延误工作，导致影响医院的全局工作。同时，医院维修毕竟有限，还需扣除维修材料的成本，仅靠手工费基本上没什么结余，维修部门别说奖金，有时连工资也保证不了，又不能将他们推向社会。
５ 实行成本核算过程中，医院在物资购买、管理中出现的问题
在实行成本核算前，有些科室申请购买了一些设备，实行成本核算后，科室经测算，由于设备价值高，每月应摊的折旧额大，甚至有些设备根据物价规定，不能单独收费，无法直接创造效益，科室就不再领取，积压在器械科仓库中；有些科室已使用的设备，也因经济效益不好，还未达到报废年限就提出上交。如果这些经济收益不好，但社会效益好的设备的折旧都由医院承担，医院承担不起，只能硬性规定科室必须使用并承担折旧，科室经常为此提意见。同时，在成本核算中许多科室反映，科室使用的耗材、设备要计入科室成本，但这些耗材、设备的购买使用，科室却没有参与，因此对这些统一由物资部门购置的设备、耗材不满意，认为比厂家上门推销时的报价高，有些耗材质量差，因无法正常使用而造成浪费，要求这部分成本不能由科室承担。而物资部门反映耗材都是通过招标购买的，有时招标价格低，厂家有意降低质量标准，且使用中造成的浪费无法界定是由于产品质量不合格，还是由于科室使用不当，或缺乏责任心造成的，双方常常为此扯皮。由使用科室自己去购买物资是不现实的，在每次招标过程中让使用科室都派代表参加不仅会影响医疗秩序的正常进行，也会大大增加采购成本，如何协调双方科室的关系也是医院管理者需做的工作。
６ 当前指标核算的有限水平无法应对成本核算中科室提出的更高要求
在实行成本核算中，除设立了很多评价收益的经济指标外，如：成本收入率、百元成本医疗收入率、人均业务收入水平、每门诊人次成本收入率、床日收入成本率、成本收益率等等，不少医院还设立了配套的管理指标，如：门诊确诊符合率、初诊确诊符合率、临床病理诊断符合率、治愈率、死亡率、医疗差错发生率、无菌手术感染发生率等质量控制指标，防止片面追求经济效益。但随着成本核算的进一步深入，科室要求增加更为精确、更能体现医务工作者劳动价值的指标，如劳动强度指标、社会效益指标、技术含量指标等。因为对于大型综合性医疗单位，普遍存在小儿科、急诊科、中医科收入少、结余少的现象，但医院又不可能取消这些科室，且造成这种状况的原因也不尽相同，中医科病人少，医师劳动强度不大，干的少，自然科室收入少；急诊科社会效益好，要求高，医生必须技术全面，能处理突发事情，工作压力大，但收费有限，科室收入也少；小儿科病人多，但由于儿童的特殊性，用药少，检查少，收费不高，但劳动强度大，如果都实行一样的核算方法和提成比例，显然有失公平。如何确定劳动强度系数，来量化医务人员的实际付出，真正体现他们的劳动价值，对于核算者来讲是个难题。同时，临床科室进行诊断要求技术含量高，部分医技科室通过使用设备来收费，相比之下技术含量低；外科系统风险大，发生医疗纠纷的几率高，内科系统风险相对较小，如何将这些实际情况量化后在成本核算中考虑进去，也是个难题。
７ 制定科学的消耗定额的现实要求与实际操作的困难
现实工作中不可避免地会出现下列情况，一些小的核算科室由于种种原因奖金很低，因此干脆不再考虑奖金，而是大量领取消耗材料，再将这些耗材通过不法人员卖出，获得高于奖金数倍的收入，这些活动都很隐蔽，医院要想抓住确凿的证据很难，因此在实行成本核算中，不能仅仅将材料消耗记入成本就行了，还要通过制定科学的消耗定额来控制科室的成本。要想精确地制定出每个科室的消耗定额，工作量太大，首先要计算１种服务项目需耗费多少种材料，每种材料需消耗多少量，这些材料的市场价是多少，得出每个服务项目的材料耗费数，然后统计出科室平均每月提供多少种服务项目，分别是多少次，不同的病况使用了不同的材料消耗，科室总共应使用多少材料消耗，这样的方法以目前的计算水平来讲花费的人力、物力过高，不划算。如采用核算以前年度月平均消耗量来确定消耗定额的方法，虽然简便，但不精确，同时存在以前消耗量不合理将会延续到以后仍不合理，而物价水平的变化也会影响消耗的增减。如何全面考虑这些因素，制定出基本科学合理的消耗定额是必须解决的问题。
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