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1、办公室（党委办公室）人事处财务基建处（项目办公室）行政处 业务管理处质量监督处（农业部兽药GMP工作委员会办公室）化药评审处生药评审处国际合作处科技处（研究生处）标准处（中国兽药典委员会办公室、全国兽药残留专家委员会办公室、农业部兽用生物制品规程委员会办公室）信息处 细菌制品检测室病毒制品检测室（国家牛瘟参考实验室）化学药品检测室兽医器械检测室（农业部畜牧兽医器械质量监督检验测试中心）安全评价室（国家兽药残留基准实验室）菌种保藏室（中国兽医微生物菌种保藏管理中心）标准物质研究室（国家兽用标准物质中心）检测技术研究室（北京兽药研究所、国家猪瘟参考实验室、农业部兽用生物制品创制与评价重点开放实验室、农业部转基因兽用微生物环境安全监督检验测试中心（北京）、国家兽药安全评价（耐药性监测）实验室）基础保障处。
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