现行《事业单位会计制度》规定，事业单位对外投资核算应设置“对外投资”和“事业基金——投资基金”科目。对外投资账户反映事业单位对外投资实际价值，用于核算各类投资的形成以及投资的收回。《事业单位会计制度》规定中还指出，事业单位对外投资应按历史成本计价，但历史成本的构成依投出资产种类的不同而不同。
一、事业单位对外投资核算存在的弊端
（一）货币、实物无形资产等对外投资时的会计处理弊端 《事业单位会计制度》规定，事业单位利用货币、实物、或者无形资产等对外投资时，其会计处理为：借记“对外投资”，贷记“银行存款”等科目，同时借记“事业基金——一般基金”，贷记“事业基金——投资基金”。即按投资额将事业基金内的一般基金转为投资基金（作投资核算时，固定资产除外，下同），只有当一般基金有结余时，才能进行对外投资，这并不合理。因为“事业基金——一般基金”是收入和支出相抵后的结余，其不是事业单位资产的完整反映，很多资产如有价证券、材料、无形资产等甚至负债（债转股），应付账款等都可以投资，其金额远大于一般基金结余数。按《事业单位会计制度》规定，事业单位“投资基金”的金额应小于“一般基金”，否则，“事业基金”不够结转或者出现负数。因此，事业单位“投资基金”的核算限制了事业单位对外投资的规模，而《事业单位财务规则》对事业单位对外投资限额并未做出具体规定。
（二）一般纳税人单位用库存材料（产成品）对外投资的会计处理弊端
属于一般纳税人的事业单位用库存材料（产成品）对外投资时，按合同协议确认价或评估确认价值借记“对外投资”，按材料账面价值（不含增值税）贷记“材料”，按其相应的增值税额，贷记“应交税金——应交增值税”，按合同协议确定的价值扣除材料账面价值与应交增值税的销项税额差额，借记或贷记“事业基金——投资基金”科目。同时材料（产成品）的账面价值借记“事业基金——一般基金”科目，贷记“事业基金——投资基金”科目。由此产生“对外投资”借方余额与“事业基金——投资基金”的贷方余额不相等的结果。其原因是按现行制度规定材料（产成品）投资时需缴纳增值税（销项税额）不计入“事业基金——投资基金”，这与对应账户余额应该相等的对应关系相矛盾。
（三）小规模纳税人单位用库存材料（产成品）对外投资的会计处理弊端
属于小规模纳税人事业单位用库存材料（产成品）对外投资时，按合同协议确定价值借记“对外投资”科目，按材料账面价值（含税）贷记“材料”科目，按合同协议确定价值与材料账面价值的差额，借记或贷记“事业基金——投资基金”，同时按材料账面价值，借记“事业基金——一般基金”科目，贷记“事业基金——投资基金”科目。按增值税法规定对外投资行为视同销售行为，应计算缴纳增值税，但现行制度中未对应缴增值税进行核算，使得会计核算的结果难以完整反映单位资金活动的全貌。
（四）对外投资科目设置的弊端
对外投资只规定了成本法核算，而没有规定权益法核算内容。事业单位对外投资仅单设置“对外投资”、“事业基金——投资基金”两个科目，无法提供投资单位与被投资单位的相互关系、投资损益等信息，难以满足会计信息使用者的需要。许多事业单位对外投资已占到被投资单位50%以上的资本或对被投资单位拥有控制权，被投资单位的财务状况对投资单位财务状况有很大影响。
（五）收回投资的会计处理弊端
《事业单位会计制度》只对事业单位投出资产的会计处理做出详细的规定，并没有对投资期满收回投资的会计处理做相关规定。
二、事业单位对外投资核算的改进
（一）取消净资产类“事业基金——投资基金”科目
因为“事业基金——投资基金”科目的核算不仅限制了事业单位对外投资规模，且该科目设置出现了对应账户之间金额的不相等情况。从资产属性来看，“对外投资”和“无形资产”一样，只是表现形式不同，从资产的运动过程来看，“无形资产”或“材料”的增减不一定同单位的净资产产生联系，更无法做到一一对应。
（二）增加净资产类“投资收益”科目
对于对外投资项目，核算收益与亏损是财务核算的一项重要内容，普遍存在的情况是事业单位都不愿主动承担国有资产流失的责任，由于其会计核算均是按成本计价，所以对外投资项目的亏损大多数不反映在账表中，账表上仍然是原始的投资价值，由于不提减值准备，事业单位的投资状况无法真实地体现在账面上。事业单位对外投资的核算办法严重影响了会计决算报告质量，所以建议用“投资收益”来评价事业单位对外投资的盈亏。
（三）改进对外投资核算
对于事业单位用材料（产成品）对外投资的情况，不管是属于一般纳税人还是属于小规模纳税人的事业单位，用本单位库存材料（产成品）对外投资时，按增值税法规定应视同销售行为，计算并缴纳增值税。按合同协议确认价值或评估确认价值借记“对外投资”，按库存成本贷记“库存材料（产成品）”，按计算的增值税额贷记“应缴税金——应交增值税”，按合同协议确认的价值或评估确认的价值与材料（产成品）的库存成本及应缴增值税之差，借或贷记“投资收益”。事业单位向其他单位投入无形资产或固定资产时，按双方确定价值，借记“对外投资”，按账面价值贷记“无形资产（固定资产）”科目，按其差额借记或贷记“投资收益”。
（四）借鉴企业会计准则中对外投资核算方法
将事业单位对外投资中对被投资单位不具有共同控制或产生重大影响，且在活跃市场中没有报价、公允价值不能可靠计量的投资按成本法核算，或投资企业能够对被投资单位实施控制的长期股权投资，即对子公司投资采用成本法核算，其他按权益法核算。
（五）投资期满事业单位收回投资时会计处理
投资期满事业单位收回投资时，借记“银行存款”或其他资产类科目，贷记“对外投资”，两者差额借或贷记“投资收益”。
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