电算化会计系统对内部控制的特殊要求主要体现在以下几方面：
1.计算机的使用改变了企业会计核算的环境企业使用计算机处理会计和财务数据后，企业的会计核算的环境发生了很大的变化，会计部门的组成人员从原来由财务、会计专业人员组成，转变为由财务、会计专业人员和计算机数据处理系统的管理人员及计算机专家组成。会计部门不仅利用计算机完成基本的会计业务，还能利用计算机完成各种原先没有的或由其他部门完成的更为复杂的业务活动，如销售预测、人力资源规划等。随着远程通讯技术的发展，会计信息的网上实时处理成为可能，业务事项可以在远离企业的某个终端机上瞬间完成数据处理工作，原先应由会计人员处理的有关业务事项，现在可能由其他业务人员在终端机上一次完成；原先应由几个部门按预定的步骤完成的业务事项，现在可能集中在一个部门甚至一个人完成。因此，要保证企业财产物资的安全完整、保证会计系统对企业经济活动反映的正确和可靠、达到企业管理的目标，企业内部控制制度的建立和完善就显得更为重要，内部控制制度的范围和控制程序较之手工会计系统更加广泛，更加复杂。
2.电算化会计系统改变了会计凭证的形式在电算化会计系统中，会计和财务的业务处理方法和处理程序发生了很大的变化，各类会计凭证和报表的生成方式、会计信息的储存方式和储存媒介也发生了很大的变化。原先反映会计和财务处理过程的各种原始凭证、记帐凭证、汇总表、分配表、工作底稿等作为基本会计资料的书面形式的资料减少了，有些甚至消失了。由于电子商务、网上交易、无纸化交易等的推行，每一项交易发生时，有关该项交易的有关信息由业务人员直接输入计算机，并由计算机自动记录，原先使用的每项交易必备的各种凭证、单据被部分地取消了，原来在核算过程中进行的各种必要的核对、审核等工作有相当一部分变为由计算机自动完成了。原来书面形式的各类会计凭证转变为以文件、记录形式储存在磁性介质上，因此，电算化会计系统的内部控制与手工会计系统的内部控制制度有着很大的不同，控制的重点由对人的控制为主转变为对人、机控制为主的，控制的程序也应当与计算机处理程序相一致。
3.计算机的使用提高了控制舞弊、犯罪的难度随着计算机使用范围的扩大，利用计算机进行的贪污、舞弊、诈骗等犯罪活动也有所增加，由于储存在计算机磁性媒介上的数据容易被篡改，有时甚至能不留痕迹地篡改，数据库技术的提高使数据高度集中，未经授权的人员有可能通过计算机和网络浏览全部数据文件，复制、伪造、销毁企业重要的数据。计算机犯罪具有很大的隐蔽性和危害性，发现计算机舞弊和犯罪的难度较之手工会计系统更大，计算机舞弊和犯罪造成的危害和损失可能比手工会计系统更大，因此，电算化会计系统的内部控制不仅难度大、复杂，而且还要有各种控制的计算机技术手段。
由此可见，计算机会计系统的内部控制制度与手工会计系统的内部控制制度相比较，计算机会计系统的内部控制是范围大、控制程序复杂的综合性控制，是控制的重点为职能部门和计算机数据处理部门并重的全面控制，是人工控制和计算机自动控制相结合的多方位控制。
随着计算机在会计工作中的普遍应用，管理部门对由计算机产生的各种数据、报表等会计信息的依赖越来越大，这些会计信息的产生只有在严格的控制下，才能保证其可靠性和准确性。同时也只有在严格的控制下，才能预防和减少计算机犯罪的可能性。
计算机会计系统的内部控制制度，从计算机会计系统的建立和运行过程来看，可分为对系统开发和实施的系统发展控制、对计算机会计系统各个部门的管理控制、对计算机会计系统日常运行过程的日常控制。
一、系统开发、发展控制计算机会计系统的系统开发、发展控制包括开发前的可行性研究、资本预算、经济效益评估等工作，开发过程中系统分析、系统设计、系统实施等工作，以及对现有系统的评估、企业发展需求，系统更新的可行性研究，更新方案的决策等工作。系统开发、发展控制的主要内容一般包括以下几方面。
（一）授权和领导认可计算机会计系统的开发和发展必需经过有关领导的认可和授权，这关系到系统开发、发展、更新等项目的成败。计算机会计系统的开发项目一般投资金额都比较大，对企业整体管理目标的影响也比较大，往往需要对原有的管理体制进行较大的改革，是牵一发动全身的重大举措，因此必需得到授权和领导认可。计算机会计系统的发展和更新是对原有计算机会计系统进行重大改进，同样对会对企业管理体制造成较大的影响，同时对现有计算机会计系统的任何改动都可能危及整个系统的安全可靠，因此也必需得到授权和领导认可。而且领导的授权和认可也有利于保证系统开发和发展的物资和资金的需要。
（二）符合标准和规范计算机会计系统的开发和发展项目，不论是自行组织开发还是购买商品化软件，都必需遵循国家有关机关和部门制订的标准和规范。其中包括符合标准和规范的开发和审批过程、合格的开发人员或软件制造商、系统的文件资料和流程图、系统各功能模块的设计等等。目前我国已经颁布的有关国家标准和规范主要由财政部1994年颁布执行的《会计电算化管理办法》、《会计核算软件基本功能规范》、《会计电算化工作规范》、《商品化会计核算软件评审规则》等，各地也颁布各种地方标准，如上海市财政局颁布的《上海市会计电算化实施办法》等地方性标准。按标准和规范开发和发展计算机会计系统可以使企业计算机会计系统更加可靠、更加完善，有利于对系统的维护和进一步的发展、更新。
（三）人员培训计算机会计系统应在开发阶段就要对使用该系统的有关人员进行培训，提高这些人员对系统的认识和理解，以减少系统运行后出错的可能性。外购的商品化软件应要求软件制作公司提供足够的培训机会和时间。在系统运行前对有关人员进行的培训，不仅仅是系统的操作培训，还应包括让这些人员了解系统投入运行后新的内部控制制度、计算机会计系统运行后的新的凭证流转程序、计算机会计系统提供的高质量的会计信息的进一步利用和分析的前景等等。[责任编辑：编辑部]
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