我国在实行出口退税电算化管理的过程中，其基本方法主要集中在申报、稽核、审核、退库各个环节上，并且做了具体的规定，体现了操作性和实用性并重的原则。
一、出口企业退税申报的电算化管理方法
我国进出口企业在退税电算化管理过程中，就是大力发展计算机快速便捷的优势，将企业相关数据录入计算机中，运用统一的管理软件，提供科学、正确的信息资料。
目前我国进出口企业的退税计算方法，原则上要求采用加权平均法，并且规定进出口企业在退税方法确定后，本年度内不能更改。进出口企业退税单证录入计算机的方式原则上应采取由退税部门集中录入方式，也称集中录入；若企业计算机录入能达到退税电算化管理的要求，报经税务部门备案后，也可采取由企业录入的方式，也称分散录入。
无论进出口企业采取那种退税单证录入方式，都要进行退税申请。进出口企业必须将出口退税的有关单证按照出口退税计算方式的要求，装订成册。采用集中录入方式的，进出口企业必须按照计算机管理软件的要求，填写“出口货物退税进货凭证申报明细表”（也称进货申报表），“出口货物退税申报明细表”（也称出口申报表），“出口货物退税汇总申报表”（也称汇总表）。采取分散录入方式的，进出口企业必须按照出口退税申报子系统的要求，将装订成册的单证中的有关内容录入计算机，经基本申报资格检查后，生成申报退税数据，同时打印出“进货申报表”、“出口申报表”，并填报“汇总表”。申报表、申报退税数据必须与原始单证的内容一致。
退税部门须安排专门的人员负责接收申报退税数据和退税单证，对申报退税数据，必须进行检测，发现坏盘、空盘、带病毒的磁盘等有严重问题的申报数据，不予受理；如有下列情况之一的单据，应退回企业重新申报：
1.申报表字迹不清和错误较多的单证；
2.项目未列齐全和完整的单证；
3.商品代码填写不正确的单证；
4.逻辑关系不符或不清晰的单证。
二、出口退税单证的稽核方法
进出口企业退税单证的稽核工作是由外经贸主管部门负责进行。当外经贸主管部门接到进出口企业送来的退税单证后，应根据稽核的规定和要求进行严格的稽核工作，须认真与原始单证的内容、数据进行仔细地核对，经稽核子系统核对后，由进出口企业将符合规定的单证及相关的申报退税数据送退给税务部门。税务部门接到退交来的单证和数据，要对以下内容进行再次重点稽核；
1.属于远期收汇的，企业是否提供了远期收汇的证明材料；
2.申报退税的原高税率、贵重货物必须是经国家税务总局、外经贸部批准特许退税的商品；
3.出口货物的价格是否正常，是否有价格转移的行为；
4.出口额的增减是否正常，有无波动较大的情况。
三、出口退税单征的审核方法
国家税务部门在履行退税退库之前，还必须再一次地对企业出口退税的单证进行审核，严格按照国家政策法规进行办事，充分体现国家鼓励企业出口创汇的精神。退税部门对出口单证的审核工作主要是从以下十个方面着手：
（一）退税部门必须对“进货申报表”、“出口申报表”、“汇总表”、申报退税数据的内容与原始凭证的内容对照审核，若对照审核中发现了问题，则应该在申报表上加以标记，填写“进货凭证录入（审核）问题记录及订正表”（也称进货订正表）、“出口退税申报明细表录入（审核）问题记录及订正表”（也称出口订正表）。
（二）税务部门必须按照两次录入的方式将出口企业的申报表、订正表的内容录入计算机，生成正确的申报退税数据。在录入过程中如果发现出口企业申报表的原始数据错误，还必须填写“进货订正表”、“出口订正表”，并对这些数据与原始凭证核对或到企业进行核对无误后，方可再次录入计算机。
（三）退税部门对申报退税数据必须利用计算机审核以下内容：
1.检测录入数据的唯一性，删除重复录入的数据；
2.审核进货凭证与专用税票、增值税专用发票、税率等信息核对；
3.审核出口凭证及有关数据，报关单、外汇核销单、远期收汇证明、退还补税证明、代理出口货物证明等信息交叉互审；
4.当期进料加工的抵扣税额，是否从当期退税额中抵扣。
（四）退税部门必须根据当年的物价指数、外汇牌价设定出口商品的收购单价差异倍数和合理换汇成本的上下限，对超出没定范围的出口商品，退税部门应该进行重点审核后，方可办理退税。
（五）退税部门对出口退税数据录入、审核环节发现的问题，还必须作以下进一步的核实检查：
1.属于退税部门工作失误的，应填写有关表格，修改已录入的数据，给予办理退税；
2.属于出口企业申报数据错误，应在认真审核后进行调整；
3.属于海关、外汇管理、外贸主管部门等提供的电子数据有错误的，应由其出具书面证明材料，并修改电子数据后，退税部门才能给予办理退税，
4.凡发现有伪造、涂改出口凭证的，要对该笔出口业务开展检查，根据检查结果，按有关规定处理。
（六）退税部门在审核退税申报数据时，因下列问题出现的疑点，经认真核实后，可以人工跳过，办理退税：
1.出口退税报关单列明的货物，既有自营出口货物，又有代理出口货物的，
2.出口退税报关单列明的出口货物如果有部分货物发生退运的，
3.出口货物属于国家税务总局批准按14％退税率办理退税的大型成套设备以及大宗机电产品，实际退税率与税率库中的税率不一致的，
4.以进料加工贸易方式出口的禁止出口的商品；
5.出口报关单列明的货物属于企业内部两个部门出口的，因分部门申报退税，报关单被其中一部门占用，其他部门申报退税没有报关单的；
6.采用加权平均法核算的企业，因同类商品单价差异较大，单个商品加权平均单价申报退税时，导致换汇成本过高或过低的。
（七）税务部门对出口企业申报的委托加工出口货物的退税数据，应进行重点审核，审核的主要内容是：
1.出口商品名称是否按主要材料、辅料、加工费等实际商品的名称填报，商品代码是否填报出口商品的代码；
2.主要材料的数量是否按加工后成品数量填写，其辅料、加工费等的数量是否填写为零；
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