一、概念比较
我国最早在1979年把计算机在会计中的应用简称为“会计电算化”。随后借鉴国外的提法，出现了“电算化会计”、“电脑会计”等概念。后来，人们把审计电算化和电算化审计也看成意义相同的两个概念。严格地说上述两组概念是有差别的，会计电算化和审计电算化并不考虑会计和审计的原理、程序、方法的变革，其内容没有变化，仅仅是处理手段的替换，指一种电算化工作过程。电算化会计和电算化审计强调的是将计算机技术与传统会计和审计相结合后诞生的一种新型会计和审计。它不仅包含了实现电算化的过程，而且特指一种新型交叉学科的产生。
现在，人们已认识到电算化会计对传统手工会计产生的多方面冲击，有人认为这种冲击是对传统会计的一次革命。人们也正在讨论电算化会计对传统手工会计的要素理论、基本假设及核算原则等会计理论所产生的冲击，为建立电算化会计的理论体系统准备。同样，电算化审计也造成了对传统手工审计的冲击和革新。电算化审计要面对新的审计环境、审计线索、安全控制的变化研究新的审计方法、程序和途径，形成一套不同于传统审计的新的理论、方法和程序体系。
二、存在问题
1．电算化会计软件不能完全满足电算化审计的要求。目前，电算化会计软件的功能由核算型向管理型转变，其功能越来越强，结构越来越复杂。但是，软件对如何满足电算化审计要求的考虑还不够，如不少系统没有考虑提供标准的数据接口或者对数据结构不开放，这为电子数据的自动转换带来困难。会计软件设计的数据库结构也存在不规范之处才同时，对数据的查询不能满足双向查询的要求，更谈不上二维查询了。另外，电算化会计软件在保留审计痕迹方面还存在不少缺陷，尤其没有考虑为电算化审计预留测试通道，这个问题需要通过制定法规和市场竞争来解决。
2．电算化审计法规建设滞后。财政部从1989年开始先后发布了《会计核算软件的几项规定》等多项法规，使我国电算化会计工作逐步走上规范化道路。这些法规中虽然提到了关于保留审计痕迹和不能有人工修改报表功能的规定与要求，但因上述法规主要是针对电算化会计工作而发布的，远远不能够满足电算化审计的要求。因此，有必要对电算化审计从定义、原则、方法、要求到评审都进行规定，使人们在开展电算化审计工作时有章可循。与此同时，还要对电算化会计法规进行修改和完善，使两类法规相互配套。
3．电算化审计研究与应用落后于电算化会计。电算化会计工作经过多年的发展，在电算化会计软件的研究与开发方面，已取得了较好成绩。会计软件的研究正在朝两个方向发展，横向是与企业管理相结合，研究开发面向企业各级管理部门的网络财务软件;纵向是研究为企业高层管理服务的财务决策支持系统。由于电算化审计起步晚及配套措施滞后，使得电算化审计的研究落后。目前绝大多数会计师事务所都购置了电脑，但是大多只用于打字和辅助计算，用于辅助审计的极少。电算化审计的应用还没有进人普及阶段。
三、特点比较
电算化会计和电算化审计是两个既有联系又有区别的新型交叉学科，两个学科既有共同点又有不同特征。两者主要特点如下：
1．将信息技术和计算机技术分别与会计或审计交叉融合。不管是电算化会计还是电算化审计都是将信息技术、计算机技术与会计和审计的原理、方法相结合并融为一体，对手工会计和审计的原理，程序及方法进行变革，形成一套新的电算化会计和电算化审计核算系统。新系统的原理、程序、方法、功能和结构与手工信息系统是不同的。
2．数据电子化和工作程序化。电算化会计和电算化审计的数据都必须是存人计算机中的电子化数据，可以通过计算机网络连接双方来实现网上处理。并且电算化会计或电算化审计的大部分处理过程是展于结构化的，可由计算机程序自动完成。非结构化问题可以借助人工智能技术辅助解决。
3．灵活的人机会话。电算化会计和电算化审计都是计算机信息系统，都是为管理服务的，都不能离开人而独立工作。如原始数据的录入、查询条件的选择、分析判断指标的设定及报告的完善等必须在人的控制下进行。因此，电算化会计系统和电算化审计系统是二个界面友好、使用方便灵活的人机交互系统。
4．二者功能相互联系和影响。电算化会计系统主要是为企业内部的管理者和外部关系人提供财会信息，电算化审计系统主要是辅助审计人员完成审计工作。二者的服务对象不同，但二者的内部功能是有联系的，并且是相互影响的。例如，两者不仅都重视凭证数据库、明细账库、总账库及报表数据库等数据结构和内容的合法性、正确性及可靠性，而且都十分关注系统的内部控制和处理过程的正确性、可靠性。电算化会计系统查询功能的强弱、数据库的标准化与开放性、是否保留处理过程和审计痕迹以及预留审计测试通道等对电算化审计系统的设计和实施影响很大。同样，电算化审计系统的智能化程度越高，越能帮助找出电算化会计系统的时部控制及处理过程中的问题，也可减少电算化审计系统对电算化会计系统的依赖程度，所以说二者功能具有互补性。
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