传统的会计档案是指会计凭证、会计账簿和会计报表等会计核算专用材料，是记录和反映经济业务的重要史料和证据。ERP系统实行后，由于产生了许多依附于计算机磁性介质的数据与文件，财务人员的所有日常工作以及历年会计资料的调阅均在计算机上完成，因此为会计档案赋予了许多新的特点。
在传统会计实务理念下，会计记账凭证必须连续编号，《会计基础工作规范》中规定，“填制记账凭证时，应当对记账凭证进行连续编号”。一般将记账凭证与原始凭证一起管理，即记账凭证从系统中打印出来后与原始凭证装订在一起，称为“统一管理”模式。而ERP系统下则产生了与之对应的“分类管理”模式，包含了纵向分类管理和横向分类管理两个方面。首先，由于ERP系统下所有业务按流程管理，因此，一些主要的业务模块产生的记账凭证编号就可以单独分类别连续编号，即纵向分类管理。纵向分类管理为ERP下的复核和审计提供了一个极好的管理平台，使相关人员可以按业务类别对相关凭证进行快速追溯。其次，ERP系统下会计凭证的概念与传统会计实务下会计凭证的概念已有所区别。ERP系统下的会计凭证一般应分为手工原始凭证、电子基础凭证和会计记账凭证，会计记账凭证在计算机中存在的状态也与传统会计实务不太一致。以x厂为例，其现阶段的会计凭证分为集成凭证（计划部门、天然气销售等）、超级用户凭证、财务中心日常业务生成凭证等。ERP系统下的会计记账凭证在计算机中一般不可能仅仅以会计分录的数据形式存在，还包含大量链接信息和集成数据信息，通过这些信息与电子基础凭证进行关联，其中包含大量的企业采购、生产销售等其他经济活动信息。会计记账凭证实际上是企业的经济活动信息在财务上体现的一个链接和集成平台，而这个平台无法打印在纸介上与相关原始凭证一同管理，因此必须将原始凭证从打印的记账凭证下分离出来，单独编号，并通过记账凭证属性项下的编号信息与手工原始凭证进行链接，形成横向分类管理。这种横向分类管理使会计记账凭证的电子存储成为可能。
传统会计实务下的会计账簿和会计报表是一种独立的数据的概念，并不是实时数据，仅仅是对财务数据在一定时点或时期的反映形式，这些数据一旦形成，就不再需要其他数据的支持。即当一定时期的账簿或报表形成后，即使凭证数据转移或丢失，账簿和报表数据依旧存在，而且不会发生任何变动。在这种情况下，会计账簿和报表不但会占用大量的存储空间，而且不利于数据信息的实时更新。而ERP系统下，会计账簿与报表已经与其他各种查询一样成为由基础数据支持的表格输出形式。这种形式下，数据能够实时更新，查询数据及时准确，不存在因缺少个别系统管理步骤而引起查询数据不及时的情况，因此，传统“记账”这一过程也就不复存在。当然，在这种情况下，系统也对数据安全性提出了更高的要求，因为一旦基础数据存在差错或丢失，就会使后续的查询产生连续性差错，从而造成会计信息的失真，并给企业生产经营带来不可估量的损失。
ERP系统下的会计档案有着与传统意义上的会计档案所无法比拟的优势。通过整理可以利用历年的数据对本单位、本部门进行历史会计数据的比较与分析，从而为企业或部门决策者提供可靠的决策依据；可以分析出本单位、本部门甚至某一地区过去、现在与将来的发展情况与发展趋势，使决策者在遵循市场经济规律的前提下，制定出适合自身发展的行为规范，改善经营管理，提高经济效益；还可以利用EKP系统下的会计档案的数据设计出有利于管理与决策的数据模型，建立一整套完善的决策支持系统；以实现会计档案的再利用。
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