行政事业单位内部控制从管理结构上来看，可由会计控制和管理控制两个方面构成。会计控制主要是对财产物资的安全性，会计信息的真实性和完整性及财务活动的合法性的控制；管理控制则是为保证方针、决策的贯彻执行，促进业务活动的经济性，效率性、效果性以及业务目标的实现进行的控制。内部会计控制是单位内部控制制度的核心层次，而内部管理控制是单位内部控制的框架层次。这两个方面相互依托、交织、制约，形成了有效运行的单位内部管理的控制网络。
不同类别的行政事业单位财务管理核算的重点和要求不同，其内部会计控制重点，目标，内容和方法也有所差异。行政事业单位资金来源主体是财政预算资金，据此，可以把行政事业单位资金来源分成四类：一是财政预算安排，二是单位开展专业业务活动及其辅助活动取得的收入；三是其他收入：四是经营收入。其中，第二，三类已纳入单位部门预算。目前，加强对这两类资金的收支管理与内部控制已成必然。
一、行政事业单位内部控制存在的问题
1 财政经费的基本支出缺乏有效控制
目前，行政事业单位对于基本支出(特别是招待费、办公费，会议费等)普遍缺乏严格的控制标准，即使制定了内部经费开支标准，但仍较多采用实报实销制，只要有相应审批人员签字同意，会计人员就予以报销。专项经费被挤占，挪用现象也较普遍，致使专项资金未能发挥其应有的资金效益。
2 固定资产管理比较薄弱
实行政府集中采购制度以后，行政事业单位固定资产的购置得到了有效控制，但对资产的使用，处置管理仍缺乏相关的内部控制，重购轻管现象比较普遍。如相当部分行政事业单位未按规定建立起定期财产盘点制度，对于购置的固定资产未能及时登记入账，未按规定登记固定资产明细账和实物卡片，资产保管责任不明确，资产处置程序，审批权限和责任不明确等，极易导致资产账实不符及资产流失，账外资产也时有发生。
3 财务与业务管理脱节
财务部门只起到“核算”，“付款”作用，对单位重要事项的决策、实施过程和结果均不了解，未能对业务部门实施，必要的财务管理和内部监督。如一些行政事业单位财务部门对于工程项目的概预算，工程进度，价款支付、价款支付方式及金额发生变动、竣工决算全然不知，往往只负责对支出登账核算，而对支出额确定是否合理，是否按预算执行等却未能实施必要的财务监控。
4 票据管理不够严格到位
票据的购，领，用、核销未按规定建立相应台账：对票据使用情况未建立定期或不定期抽查制度，导致一些部门延期上缴相应收入，甚至出现挪用公款问题；对使用后票据未能及时办理交验、核销，容易导致收入不入账，私设“小金库”等问题。
5 岗位设置不够合理
许多单位存在一人多岗、不相容岗位兼职现象。出纳人员，记账人员，保管人员、经济业务决策人员及经办人员没有很好地分离制约，存在出纳兼复核，采购兼保管等现象，出现管理漏洞。
6 预算控制比较薄弱
随着部门预算改革的推进，预算控制得到了一定程度加强，但仍较薄弱。主要表现为：一是最高管理层不重视，缺乏必要的预算管理机制。单位预算是全方位的，但相当多的部门负责人，没有认识到预算的必要性和重要性，认为预算编制可有可无，即便有预算，也不按预算执行，预算成为应付工作的形式。二是预算编制还比较粗糙。目前部门预算的编制一般仍根据财政下达数，上年收支实绩、预算单位自身的特点和业务进行核定，大部分都还没有细化到具体项目，预算支出达不到逐笔进行核定的要求。三是预算刚性不够。预算的计划性、科学性不强，资金使用缺乏预见性，削弱了预算的约束控制力。
二、相关对策建议
行政事业单位内部控制机制是一个系统，系统各个要素之间相互联系、相互制约。所以行政事业单位内控制度要发挥现实作用，必须形成机制，使一个单位内控制度达到一个较为理想的目标。内部控制机制的主体是内部控制结构，包括：控制项目及环境，财务会计系统，控制流程。其中，控制项目是指内控制度的基本单位。控制环境是指对建立或实施某项政策发生影响的各种因素。内部会计控制必然要受到组织结构，职工的诚实等因素的影响。主要有以下两个方面：第一，控制环境不能无限扩大，应该控制在单位可控范围之内，否则内控制度就很难操作；第二，行政事业单位内控环境受其上级部门影响比较大。
针对不同行政事业单位的不同实际情况，要有不同的内部控制制度。从总体上考虑，可以从以下几个方面进行完善：
1 明确领导人责任
在制定内部控制有关规定时，要明确单位负责人应负的责任，只有这样，才能使单位由上而下共同执行内部控制要求，从而推动内部控制的健康发展。还可以在行政事业单位内部推行法人经济责任制，将责任风险直接与决策层挂钩，经济责任制即按领导分工予以纵横监控，规定职责，相应授权，从而实现各尽其职，相互协调，相互制约的控制目的，同时，要建立必要的信息披露制度，以此接受社会公众的监督和约束。政府也应把内部控制作为一项日常工作来抓，可以把内部控制的好坏作为领导政绩的一个方面。
2 提高员工素质
行政事业单位内部控制的成败关键在于员工素质的高低程度，其素质控制的目的在于保证工作人员具有忠诚，正直的品质和勤奋、有效的工作能力，从而保证内部控制有效实施。它对财会人员的素质有更高要求，不仅要求专业技术性强，要求他们的政策性，法制性强，并且还需要有一定的职业道德水准。行政事业单位的内部控制涉及到所有员工，不仅仅是财务部门的事。所以，应注重全体职工的后续培训，以适应管理的要求。
3 建立财务状况预警机制
各行政事业单位可以借鉴国际先进经验并运用现代科技手段，逐步建立风险监控，评价和预警系统。通过一系列指标的横向和纵向数据比较，对财务运作中潜在风险预警预报，提出控制措施，将可能萌发的财务风险予以化解。
4 建立和健全内部控制制度
各单位应当建立，健全本单位内部会计监督制度，并具体要求记账人员与经济业务事项和会计事项的审批人员、经办人员、财物保管人员的职责权限应当明确，并相互分离，相互制约；重大对外投资，资产处置，资金调度和其他重要经济业务事项的决策实行集体审议联签，相互制约程序应当明确；财产清查的范围，期限和组织程序应当明确；对会计资料定期进行内部审计的办法和
各单位还应该建立单位内部稽核制度，内部牵制制度，内部审计制度。内部稽核制度和内部牵制制度的建立应该结合会计人员岗位责任制度一并考虑，但两者是不同的。前者的主要内容包括：稽核工作的组织形式和个体分工；稽核工作的职责，权限：稽核工作的程序和基本方法等。后者的主要内容包括：内部牵制制度的原则，包括机构分离、职务分离，钱账分离、账物分离等；对出纳等岗位的职责和限制性规定；有关部门或领导对限制性岗位的定期检查办法。内部审计则是内部控制的一种特殊形式，是一个单位内部经济活动和管理制度是否合规，合理和有效的独立评价机构，在某种意义上讲是对其他内部控制的再控制。
5 建立绩效考评体系
设置科学的考核指标体系，对单位内部各部门和全体员工的业绩进行定期考核和客观评价，并将考评结果作为确定员工薪酬以及职务晋升，评优、降级、调岗等的依据。
6 内部控制的执行要把握重点
行政事业单位的内部控制要注意抓重点，针对本单位的工作实际，抓本单位的薄弱环节。重点要把握好以下几个方面：
一是预算控制。按照财政预算改革的要求，财政将加强对计划预算的审查监督，保障计划的科学性，强化预算的约束力，堵塞腐败漏洞。所以，行政事业单位应适应财政发展的需要，建立一套以预算管理为基础的内部控制体系，主要包括预算的编制、审定、执行、监控、分析、调整(预算变动需上报申请，审批后方可调整)，考核等。
二是授权批准控制。单位在处理经济业务时，必须经过授权批准以便进行控制。在授权批准控制时，一定要明确授权批准的范围，权限、责任和程序。同时，要把授权批准权限的分解和审批额度的分配与核算管理制度的建立，财务公开性制度的建立紧密地结合在一起，以防止滥用职权审批情况的出现。
三是关键点控制。在一个业务处理过程中，往往有些控制环节很容易出现错误和弊端，达不到既定目标，这时要注意寻找业务关键控制点。如：在设置岗位或职务时，为了保证业务正常开展，防止出问题，不相容岗位或职务要由不同的人来承担，这就是关键控制点；在进行会计核算时，为保证会计记录的正确性，明细账和总账之间的核对是关键控制点；为保证银行存款金额的正确性，由非出纳员核对银行对账单和存款余额这也是关键控制点。
四是会计电算化控制。会计电算化的迅速发展和普及，促进了会计工作的规范化，提高了会计工作的质量。通过会计电算化特别是会计管理电算化，利用会计核算提供的数据和其他有关数据，结合单位的实际情况，借助计算机会计管理软件对单位内部管理从事前，事中，事后三个方面实施控制，保证控制工作有效，快速的运行。 整理
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