一、农村信用社内控制度建设存在的问题
1、内控制度缺乏权威性。保证信用社的内控制度有效执行，必须建立有权威、有独立性的内控机构，这是建立信用社科学经营管理机制的需要。现实情况是，制度建立的多，真正执行的少。由于内部稽核人员是在联社的领导下，缺乏独立性，在对实施项目的检查中，面对查出问题往往束手无策，只能在具体规范上作一些调整和纠正，很难对责任人作相应处理。
2、法人治理结构尚未真正建立。信用社虽然按照规定成立了“三会”。制定了相关制度和具体规定，但就“三会”制度本身来说大多形同虚设，许多规定在实际操作中难以执行，决策权、监督权、执行权在实际工作中没有得到有效分离，由此也就很难对信用社法人代表实施有效的监督制约。
3、制度不落实。从目前信用社发生的各类案件来看，很重要的原因是内控制度落实不到位，违规违章操作不能得到及时的纠正。在业务经营上，偏重于规模发展，对于内控制度的建立与落实重视不够。
4、制度建设不规范。一些新业务的管理制度跟不上，无法适应业务发展的需要。而有的制度不完善，与信用社的管理实际脱节。制度制定不系统，信用社在内控制度建设中缺乏统一考虑，影响内控制度整体作用的发挥。
二、加强和完善内控制度的思路
1、理顺关系，完善机制，树立内控机构权威。稽核部门具有独立性、超脱性、权威性和统一性，联社不但要从工作部署上予以明确，而且要从体制、职权、人员配备和管理机制上予以保证，从而树立稽核工作的权威，减少各方面的行政干预和人为因素的影响。
2、按照现代企业制度规范，建立有效的法人治理结构，强化约束和制约机制。按照合作制原则，建立起真正的合作金融组织。在股权设置上，积极改善股权结构，实现股权结构的多元化；在内部管理上，完善和健全社员代表大会、理事会和监事会“三会”制度，建立决策、执行和监督三种职能相互联系、相互制约的法人治理结构，从组织形式上形成对法人代表的有效控制；健全议事规则和决策程序，防止权力的滥用和决策失误。
3、制度要坚决落实到位，堵塞管理漏洞。加强内控机制建设，就必须把落实各项内控制度作为强化内部管理、防范风险的头等大事来抓。一是要落实责任，真正把责任落实到具体的责任人，以制度落实责任，用制度说话。二是要加强内部管理制度，严格业务工作环节和工作程序的监督检查，查出问题及时解决。三是要加强考核评价。每一项工作结束后，都要组织相关人员按照预先规定和要求进行全面的考核和评价，向有关方面通报情况。
4、加强会计工作控制和管理，严格核算制度和具体操作。要规范会计操作规程，实行岗位分工，严禁一人兼岗或独立操作业务全过程。会计核算严格执行权责发生制原则，真实反映经营情况，确保会计信息真实性和可靠性。
5、构建完善的管理监控制度体系。一是对现行的某些内控制度进行调整和修订。二是要制定和完善内部责任体系。三是要按照从严治社的原则，进一步完善对于违规行为和失职行为的责任追究制度体系。要制定统一的内控制度，力求内控制度体系具有完整性、统一性，并努力使其规范化、科学化。
6、建立联社和信用社主任年审和离任审计制度，年终由稽核部门对信用社年度经营管理、权力使用、制度执行、工作绩效等情况进行全面审计。
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