同一控制下的企业合并取得的股权投资的初始成本，以取得被合并方所有者权益账面价值的份额作为长期股权投资的初始投资成本。长期股权投资初始投资成本与支付的现金、转让的非现金资产以及所承担债务账面价值之间的差额，应当调整资本公积，资本公积不足冲减的，调整留存收益。
例1：2007年1月1日，兴业公司以一处房产和一件旧设备共200万元向利仁公司投资（二者属于同一控制下的两个公司），占乙公司60%的股权，投资时利仁公司所有者权益的账面价值为14000万元。投资时兴业公司资本公积为500万元，盈余公积为200万元。
该房产的账面原价为8000万元，已计提累计折旧500万元，已计提固定资产减值准备200万元，公允价值为7600万元。旧设备的原值220万元，已提折旧20万元，公允价值200万元。
兴业公司的会计处理：借：固定资产清理7500万元累计折旧520万元固定资产减值准备200万元贷：固定资产8220万元借：长期股权投资8400万元（14000×60%）贷：固定资产清理7500万元资本公积900万元。
税务处理：1．可能涉及的流转税营业税：《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税〔2002〕191号）规定：以无形资产、不动产投资入股，与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。上例属于以不动产投资入股，共同承担投资风险，不征营业税。
增值税：以设备等动产对外投资，应视同销售，按照“销售使用过的固定资产”进行税务处理。根据《财政部国家税务总局关于旧货和旧机动车增值税政策的通知》（财税〔2002〕29号）规定，纳税人销售自己使用过的应税固定资产，无论其是增值税一般纳税人还是小规模纳税人，一律按4％的征收率减半征收增值税。另外，如果具备《国家税务总局关于印发骉增值税问题解答(之一)骍的通知》（国税函〔1995〕288号）明确的三个条件，即属于企业固定资产目录所列货物、企业按固定资产进行管理并确已使用过的货物、销售价格不超过其原值的货物，可免予征收增值税。所以，该旧设备售价小于原值，不征增值税。
2．涉及的所得税《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发〔2000〕118号）规定，企业以经营活动的部分非货币性资产对外投资，应在投资交易发生时，将其分解为按公允价值销售有关非货币性资产和对外投资两项经济业务进行所得税处理。
3．纳税调整以上会计处理未涉及任何损益类科目，对于转出的固定资产减值准备，税法应作纳税调减，应纳税所得额=（7600-7300-200）+（200-200）=100（万元），纳税申报时该笔业务应调增应纳税所得额100万元。
非同一控制下的企业合并的初始计量
非同一控制下的企业合并的初始成本为付出的资产的公允价值。账面价值与公允价值之间的差额计入当期损益，反映在营业外收支中。
例2：兴业公司2007年4月1日与利仁公司原投资者a公司签订协议，兴业公司和利仁公司不属于同一控制下的公司。兴业公司以自产产品（非应税消费品）和承担a公司的短期还贷款义务换取a持有的利仁公司股权，兴业公司投出存货的公允价值为500万元，增值税为85万元，账面成本为400万元，存货跌价准备为50万元。承担归还贷款义务为200万元。
兴业公司的会计处理：新准则对于库存商品的视同销售，都要按《企业会计准则第14号——收入》的要求，结转收入和成本。
借：长期股权投资785万元(500+85+200)
贷：短期借款200万元
主营业务收入500万元
应交税费——应交增值税（销项税额）85万元
借：主营业务成本350万元
存货跌价准备50万元
贷：库存商品400万元。
税务处理：1．涉及的流转税。《增值税暂行条例实施细则》第四条规定，以外购的原材料或者自产产品对外投资，应视同销售计算增值税。
2．涉及的所得税。按国税发〔2000〕118号文件规定，将其分解为按公允价值销售有关非货币性资产和对外投资两项经济业务进行所得税处理。
纳税调整：非同一控制下的企业合并，如果是以存货投资，财税差异为存货跌价准备50万元。如果存货未计提跌价准备，新准则与税法基本一致，没有任何财税差异。
例3：接例2，如果兴业公司和利仁公司属于同一控制下的公司，投资时利仁公司的所有者权益的账面价值为1000万元。投资时兴业公司资本公积为100万元，盈余公积为50万元。
兴业公司的会计处理：
借：长期股权投资700万元（1000×70%）
资本公积85万元
贷：短期借款200万元
主营业务收入500万元
应交税费———应交增值税（销项税额）85万元
借：主营业务成本350万元
存货跌价准备50万元
贷：库存商品400万元。
纳税调整：同一控制下的企业合并，如果是以存货对外投资，财税差异为存货跌价准备50万元。如果存货无跌价准备，新准则与税法基本一致，没有财税差异。
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