电算化会计实行的是电子档案与纸质档案并行的双套制管理。所谓纸质档案指的是计算机打印出来的书面形式的会计资料及其所附的原始凭证。对它们的管理，主要是参照传统会计的档案管理方法进行，同时也要根据计算机的特点，注意其管理的规范性。
对于计算机打印输出的书面档案，在电算化会计系统中应设置控制机制，实行输出档案在机内的自动连续编号，以便于从总体上把握书面输出的文档。此外，还应制定输出档案的内容、件数、保管人和使用人的登记制度，操作时严格按照制度规定进行记录，打印出的纸质档案经审核人员核对以后，应加盖制单人员、审核人员、记账人员及会计机构负责人的印章或者签字，以明确责任，保证档案的法律效力。这样，将责任落实到人，在一定程度上能有效地保障输出纸质档案的安全可靠。
还应指出，在纸质档案和电子档案的双套制管理体制下，无论哪一种形式的保管体系，均应注明另一种形式的相关信息。如在纸质档案的备考表或卷内目录“备注”中注明相对应的电子档案的档号及存址，以便利用时相互对照。
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