行政事业单位实行会计委派制以来，在贯彻落实国家财经纪律、会计制度，从源头上预防腐败等方面起到了一定的作用。但我们在审计中也发现，会计委派制在一些方面已不能适应管理和公共财政改革的需要，一些弊端逐渐显现出来，主要表现为：
一是财政财务管理职能弱化。由于委派会计体制决定其工作重点是保障所委派的单位财务工作的正常运转，如会计报表能按时报出等。对于其他工作则处于应付状态，特别是单位的财政财务管理工作比委派前大大削弱，如预算管理、资产管理、经费管理、债权债务清理等基础管理工作被忽略，成了行政事业单位管理的薄弱环节，导致一些单位内控制度形同虚设。
二是会计监督效果欠佳。一是事前监督未达到预期效果。实行会计委派制的初衷是对单位支出进行事前监督，避免以往不合规支出发生后不能纠正只能处罚的问题发生，但从具体实践来看效果并不理想。二是事后监督表面化。对于单位的财务收支，委派会计只注重票据是否合规、手续是否齐全，而对其真实性、合法性很少过问。据审计掌握的情况，一些单位仍然存在预算外资金未实行财政专户管理、支出不规范、资金使用效益不高，经费不足与浪费并存等问题，这些问题并未因实行会计委派制而从根本上有所改观。
三是会计体制设置不尽合理。由于委派单位财务机构负责人不实行委派制，是由单位自行任命产生的，一些大的单位和系统因种种原因往往又未配置负责人或由其他部门负责人兼任，势必影响单位的财务管理工作。
针对以上情况，我们建议要明确责任，加强管理。委派会计应了解掌握单位基本情况，参与预算编制的全过程；定期开展财产清查和债权债务的清理核对，夯实单位财务基础工作，确保账实相符、账表相符；及时反馈会计信息，分析预算执行中存在的问题，用好管好有限的经费，提高资金使用效益。还要强化监督，规范收支。委派会计应根据国家的法律、法规，结合委派单位的特点，直接参与具体重大业务发生的全过程，确保经济业务的真实、合法。委派会计领导体制设置应结合公共财政体制改革的需要统筹安排。
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