内部会计控制制度是我国的法律法规在各单位具体体现，单位在制订、修改内部会计控制制度时，理应以国家的法律法规和政策为依据。但由于各个单位的内部实际情况千差万别，面临的外部环境也不相同，不会存在一个普遍适用的内部控制模式。为此，应该了解、分析各单位内部实际情况和外部环境对会计控制的影响，设计内部会计控制制度，切不可照搬照抄其他单位的内部会计控制制度。
特别需要说明的是，设计的制度首先要适合经营目标，促进单位经营目标的实现。其次要适合单位组织结构，有效的制度要使单位会计信息迅速地上传下达，保证联络渠道的畅通，要做到责权分明，对组织中每个部门、每个人实现有效会计控制，都需要组织结构来保证。
任何一个单位总是处于一定的经营环境之中，经营环境的变化必然会对单位形成一定的外部机会与外部威胁。尽管外部机会与威胁不在单位内部控制范围之内，但在设计内部会计控制制度前对经营环境特点及其发展规律进行了解和分析，这样设计出的内部会计控制制度，才能有效规避外部风险，实现内部会计控制的目标。
全面性和系统性的原则
全面性包含两层含义，一是指内部会计控制制度的触角渗透到单位各项业务过程和各个操作环节，覆盖所有的部门和岗位。由于会计工作贯穿于单位整个经济活动，是对单位整个经营管理活动进行会计核算和会计监督，因此制定会计控制制度要求全面。二是指内部会计控制制度对全体员工都有约束力，即制度面前人人平等，也指在设计过程中，充分听取和吸收执行人员的意见和建议，发挥员工的积极性，使员工自觉执行制度。
由于单位是一个普遍联系的整体，因此，制度设计要有系统论的观点，即把单位作为一个整体来考虑。要将各部门和各岗位形成既相互制约又具有纵横交错关系的统一整体，以保证各部门和各岗位均能按照单位的目标相互协调地发挥作用。同时，内部会计控制制度要与其他内部控制制度相互衔接，形成目标统一的内部控制制度，从而发挥内部会计控制制度的总体功能，实现内部会计控制的总体目标。在设计内部控制制度时，运用系统论的观点与系统方法的整体性、全面性、层次性、相关性和动态平衡性等特征，设计出纵横交错的内部会计控制网络与点面结合的控制系统。
体现内部牵制的原则
内部牵制是指在部门与部门、员工与员工及各岗位间所建立的互相验证、互相制约的关系，其主要特征是将有关责任进行分配，使单独的一个人或一个部门对任何一项或多项经济业务活动无完全的处理权，必须经过其他部门或人员的查证核对。从纵向来说，至少要经过上下两级，使下级受上级的监督，上级受下级的牵制，各有顾忌，不敢随意妄为；从横向来说，至少要经过两个互相不隶属的部门或岗位，使一个部门的工作或记录受另一部门工作或记录的牵制，借以相互制约。
在设计内部会计控制制度的过程中，一项经济业务活动各项环节尽量由不同部门处理，也可以委托社会中介组织，发挥其比较客观、公正的作用。比如，在工程项目业务中，委托具有相应资质和专业能力的社会中介组织编报项目建议书等；在销售业务活动，发票开具环节由财务部门的人员处理而不是由销售部门的人员处理，目的在于增强牵制作用。
坚持牵制制度，需要明确各单位和部门的职能与性质，明确各部门及人员应承担的责任范围，赋予其相应的权限，职责与权力必须尽可能以规范文件的方式明确地授予具体的部门、岗位和人员，以免发生越权或在出现错误或舞弊时相互推诿扯皮。
讲究成本效益原则
实行内部会计控制制度本身就是通过完善的内部控制，降低成本和人为因素，最大程度上提高单位的经济效益。如果实行这项制度所花费的成本大于其本身所能带来的效益，就不存在实行内部控制的必要性。因此，对重要经济业务活动要进行重点控制，对一项经济业务活动的关键环节实行重点控制。选择关键控制点是实现少花费而高效率控制的重要途径。
对关键控制点的选择，应统筹考虑如下三个方面：
1.会影响整个会计工作运行过程的重要操作与事项。
2.能在重大损失出现之前显示差异的事项，有利于对问题作出及时、灵敏反应。
3.若干能反映单位主要目标的时间与空间分布均衡的控制点，目的在于实现全面控制。
动态反馈和前瞻性相结合的原则
单位的会计机构要积极修订完善单位内部会计控制制度，与时俱进，不断修订和完善单位内部会计控制制度，以始终保证内部会计控制的适应力和活力。同时，由于各个单位的内部实际情况是不断变化、发展的，面临的外部环境也是随着社会进步而变化和发展，但是，内部会计控制制度又是相对稳定，为了既要符合现时需要，又要与未来发展相结合，保证在一定时期内的适应力和活力，在设计时要有一定的前瞻性。
实用性原则
设计内部控制制度主要目的是为了实际应用，因此，不应过于强调其严密性和完整性。应尽量精简机构和人员，选择恰当控制方法和手段，减少过繁的手续和程序，避免重复劳动，使内部控制制度简化且高效率；内部会计控制制度的文字说明要简洁明了，条理清楚，使大家一看就懂，且容易记住、掌握和执行；内部会计控制制度不仅仅是监督，更重要的是指导和帮助。因此，要求制度具体，可操作性强。
坚持事前、事中、事后全过程控制的原则
内部会计控制制度应坚持以预防为主，对经营活动过程的重要活动、关键环节进行控制，并采取内部稽核、审计和书面报告等方式进行检查。如在企业工程项目内部会计控制过程中，可事先根据公司战略目标及年度计划，提出项目建议，指定专门部门或委托具有相应资质的单位编报项目建议书，由会计部门对项目建议书中财务分析和预测结论的可靠性发表具体的书面意见。重大工程项目决策经董事会讨论决定。也可以委托社会中介组织编制工程概预算，会计部门对编制的设计概算进行演算和复核。做好招标工作。会计部门对招标文件中关于审查投标人资格的财务标准和投标报价要求等内容进行审核，对潜在投标人的财务情况进行综合审查，会计部门审核标底计价内容、计价依据的准确性和合理性，以及标底价格是否在经批准的投资限额内。会计部门还可参与合同的签订，审核合同的金额、支付条件、结算方式、支付时间等内容。
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