特别行政区制度与国家管理体制之间存在着互动。特别行政区制度是我国国家管理体制中的一个特殊制度，它不仅受制于我国内地的普遍国情，也受制于港澳地区的区域形势和历史背景。这种有融合更有差异的制度发展环境，形成了香港、澳门不同于西方，也不同于中国内地的政治实践。这就客观上形成了国家管理体制发展转型的条件，为国家管理体制提供了最为生动的素材。具体来讲，包括如下几个方面:
一、提供央地关系法制化发展的制度样木
我国国家结构形式是单一制的。在这个背景之下，中央与地方在政治活动的过程中，往往困围于上下级关系，难以形成有效互动。一方面，在政策上服从上级的习惯，使得地方在央地关系的制度开拓上，保守有余而进取不足;另一方面，地方利益又客观存在，在那些制度以外的实际操作过程中，权变有余而守规不足。
这种情况的产生，使得中央与地方关系过分依托地方领导人的能力、魄力，甚至地方领导人与中央领导之间的个人关系。中央与地方之间的法律关系，则始终只能在这样一种缺乏制度约束的环境下缓慢发展、在这个语境下，中央一直强调要发挥中央与地方两个积极性、特别是十八大以来，中央强调简政放权，将大量行政审批事项下放到省级政府，但由于以往的实践经验不足，对于哪些权力应该下放，哪些应该收紧，还是缺乏足够的规则。
特别行政区则不存在这些问题，作为国家的一种特别区域，它不足以改变我国单一制为基础的国家结构形式，但能够以一个较具独立性的主体的身份，形成与中央政府的有效互动、博弈、特别行政区似乎更有底气不听招呼，也就更有可能在这个过程中表达地方的真实想法。中央在碰到香港、澳门的反对意见时，更有可能将这些意见视为中央政策的另一个反馈，举一反三地处理好与普通行政区之间的关系。
二、民族区域自治对特别行政区的借鉴
民族区域自治是我国在少数民族聚居区推行的少数民族自治政策，是指在国家的统一领导下，在这类自治地方设立自治机关，行使自治权。这一制度是国家解决民族问题的基木政策，是国家的一项基木政治制度。这一制度与特别行政区制度之间存在着一定的借鉴基础，具体而言包括:二者同为自治的实现方式;二者具有相同的政治基础，即单一制国家的政治体制;二者具有类似的社会基础，即都在一定程度上存在国家认同缺失的问题、因此民族区域自治在多个方面存在借鉴特别行政区的相关治理模式的可能。
概言之，有如下两方面可借鉴之处:
一是利益输送模式的借鉴。以往的民族区域自治的利益输送，主要采取的是财政转移支付的模式。比方说，2007年西藏的地方财政支出中，有93%到94%由中央提供，西藏自己能创造的只有6%到7%。依靠财政转移支付的方式来进行利益输送，有助于增强中央政府对自治区政府的管理，但并不一定有利于促进民众的发展。具体来讲，以财政转移支付的方式进行利益输送，归根结底是一种由上到下的强制性的政策手段，其所带来的影响并未经过市场检验，也没有经过市场调配。其中不可避免地存在不科学、不合理之处，而且难以调动民族自治地方发展经济的积极性。而港澳地区与内地的利益输送过程，则更多地引入市场因素，比方说，在2003年，中央政府先后与香港特区、澳门特区分别签订了《内地与香港关于建立更紧密经贸关系的安排》和《内地与澳门关于建立更紧密经贸关系的安排》，这就提供了一种制度化的、市场化的利益输送模式，它不仅有助于两地的经济发展，而且有利于调动两地的积极性。
二是制度创新模式的借鉴。除开一些特殊的民族政策，我国自治地方的运行方式，与普通行政区并无根木的区别。这实际上不利于实现自治区设立之处所欲达到的目的。要完善自治区的创新模式，就难以从普通行政区中寻求借鉴，而有必要吸取港澳地区的治理经验，充分吸收港澳地区治理的科学、合理之处，在维护国家统一领上完整的前提之下，进一步解放思想，进行制度创新，实现一定程度的有效的民族区域自治，以求同存异地精神谋求少数民族地区人民的民族认同、国家认同。
三、普通行政区对特别行政区的借鉴
改革开放以来，内地的政治、经济发展较为注重吸收港澳的经验。然而，以往关于香港、澳门的借鉴，多集中于经济体制方面，而对于港澳的政治、行政体制的借鉴则有所欠缺。近些年来，随着改革开放的进一步深入，行政体制改革问题逐渐凸显，普通行政区对特别行政区的借鉴显得尤为重要，特别是广东省，就设置了新的特区，进行先行先试，探索粤港澳发展的新模式。我们认为，虽然港澳奉行资本主义制度，与我国内地的基本经济体制有所不同，但由于其行政体制发展较早，己经形成了较为完善的制度体系，完全有可能成为我国未来行政体制改革的重要镜鉴，具体来讲，包含如下方面内容:
(一)反腐制度的借鉴
香港也曾是一个腐败盛行的地区，但在1974年廉政公署成立之后，该地区迅速跻身世界最清廉的地区之列。廉政公署是香港特别行政区政府的独立执法机构，以肃贪倡廉为目标，采取防止教育及调查三管齐下的方式执行、廉政公署的体制有效地遏制了贪污腐败现象，应成为我国内地在未来体制改革过程中吸取、借鉴的样板。
2012年9月8日，我国广东省珠海市横琴新区，设立了全国第一个整合惩防腐败相关职能的机构—珠海市横琴新区廉政办公室(下称横琴廉政办)，该办公室将统筹纪检、监察、检察、审计等部门职能联合防治腐败为全省反腐倡廉体制机制的创新探索经验川这一机构设置的主要参考样本也就是香港的廉政公署。
另如，2004年，深圳就曾模仿香港的做法，设立建筑工务署，在该署建立之前，政府哪个部门要投资建设工程，都是设立一个临时机构来管理项目。由自己投资、自己建设、自己管理、自己使用，边勘察、边设计、边施工的三边工程和超计划、超概算、超预算的三超工程多不胜数，工程腐败也在所难免。深圳市于2004年成立建筑工务署，把过去若干个政府部门分散管理的工程，变为由工务署集中统一管理。工务署为财政全额拨款的事业单位，全署人员的工资福利与工程无关。
(二)行政管理的借鉴 港澳地区在长期的发展过程中，积累了很多行政管理方面的经验，在我国正在进行行政体制改革的背景之下，需要从多个方面进行行政管理制度的借鉴。其中，较为紧迫的包括如下几个方面:
一是要借鉴港澳的市场监管制度。香港是一个高度依赖贸易的自由市场，在长期的发展过程中，香港建立起了一整套严密的市场监管体系。这一体系是值得借鉴的。比方说，2012年8月16日，时任中共中央政治局委员。广东省委书记汪洋就曾指出，香港与内地虽属不同法系，法律的要求和运行有明显差异，但目前内地和香港都实行市场经济体制，两地法律中大部分是为了保障市场经济规范运行而设立的，具有较大共通性，特别是在营商法律制度，行政管理领域，社会治理领域如商事登记制度、投资管理体制，食品安全监管、职业培训和职业技能鉴定等方面，我们可以比较系统地借鉴。而在南方一些省份的市场管理体制改革过程中，我们确实能够非常清晰地看到香港制度的影子。
二是要借鉴港澳的行政管理制度。港澳有一个精简、强干的管理队伍，以香港为例，香港政府下设3个司、12个决策局、60多个政府部门和机构，能对本市进行有效管理。香港政府部门冗员少、权责清晰、效率较高，起到了很好的管制效果。反观我国内地，政府层级过多，机构繁冗，很容易出现相互推诱塞责的现象。一些地方便借鉴香港经验，提出行政管理改革方案。比方说，广东省就于2011年决定选择部分地级以上市城区开展城市基层管理扁平化改革试点，减少管理层级，或撤销街道，实行市一区一社区二级政府、三级管理新体制;或撤销区，实行市一街道一社区一级政府、三级管理新体制、在这些改革过程中，无不透射出对香港、澳门行政管理经验的借鉴。
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