医院财务管理系统一般由药品管理系统，收费管理系统，后勤供应及计划财务管理系统等组成。各系统独立完成各自的工作，又互相监督牵制，构成医院完整的财务管理网络化体系。
(一)药品管理体系
采用计算机管理药品，对购入药品办理入库手续，将购入药品的品名、规格、剂量、购入价、批发价、数据、有效期等相关信息一并录入计算机，计算机自动在批发价基础上按国家统一规定自动加成率进行加价处理。药房领药时计算机打出出库单，并同时储存在各药房的数据库中，计算机经常实现自动划价功能。另外计算机还能对药品的购入、领发、售出、调价、盘盈、盘亏做出数量金额统计，按财务要求格式打出药库药品，药房药品的进销存日报、月报表。药品管理系统的查询功能提醒药品管理人员，药品库存和药品有效期情况，分析计划功能能够以药品销售品种，数据及库存情况，提供购药计划，作为药品管理人员购药的参考。
而药品管理体系一旦与医院财务管理体系联网，医院的财务部门及管理者就可在第一时间对医院的药品销售及库存情况进行掌握，加强与完善药品管理。
(二)收费管理系统
医院的收费一般包括两个部分。(1)门诊收费系统。收费人员依据处方输入药品的名称、规格、数量，计算机自动划价并计算出金额，打印出收费收据。各种检查治疗标准依据国家规定标准输入计算机，收费时只将患者的检查治疗项目输入即可。收费人员在下班前，计算机只需一分钟即可打出交款日报表据以向财务科交款。(2)住院收款系统。收款员根据患者入院登记卡将患者的姓名、登记卡号、床位号、科别、病种、经治医生、入院日期及住院押金金额等输入计算机，收费时只需患者的姓名、住院号、收费项目即可，药费和检查费，治疗费便自动计入患者的费用数据库。还可以协助患者在计算机中随时查阅收费情况，避免医生乱开药，乱收费等情况。出院时可对患者入院期间费用进行详细打印。
将收费管理系统与医院财务管理系统联网就可使医院财务部及管理者及时掌握医院每天的收入情况，掌握每天就诊及住院，出院人数，加强和完善医疗管理，同时又可避免收款员的差错及舞弊行为。
(三)后勤供应及财务管理系统
它主要依据当前医院的会计制度设立，主要包括货币资金管理、工资管理、业务支出管理、固定资产管理、物资管理、专项资金管理等。它与医院的药品管理系统和收费管理系统相联系，组成医院财务管理网络。
每月自动由计算机汇总出医院的医疗收入，药品收入，其他收入的金额可以横向比较出各科室的收益情况。而通过工资系统、固定资产管理系统、物资管理系统、业务支出系统则可自动生成每个科室的医疗成本情况，将各科室的人工费、固定资产折旧、卫生材料消耗，业务支出等自动汇总。可以纵向了解各科室的支出情况。每月末可对各科室的收入、支出情况进行比较，可指定相应的奖惩措施。同时业务支出管理系统不单是简单的核算支出项目，而且还可以指定切实可行的财务预算，输入计算机，每月单项业务支出超过预算，财务部门可以通过计算机查找超支原因。
医院计划管理系统是医院计算机网络化管理的核心，其他管理系统的数据最终要在财务系统上加工整理，并对各种数据和信息进行深入细致的分析，对各种指标在各项决策作出后的可能变化作出准确的预测，最终完成医院财务管理的全过程。
医院计算机财务管理网络建成后，既能加强各医疗科室和各部门的联系，保证各个环节的信息传递，保证上下级关系的畅通，也可以加强横向业务联系，在各科室分工的基础上协调一致，促进医院体制趋向更加合理，减少主观随意性，使其更加科学有效。且由于应用了网络化技术，数据库内的数据转储，存移很方便，同一数据只需一次输入就可以多次使用，实现了多用户资源共享。
同时也应注意到，计算机网络化体系的开展必须在合理的管理体制，完善的规则制度，稳定的工作秩序，严密的内部控制制度的基础上实施。努力使医院做到财务管理工作程序化，管理业务标准化，报表文件统一化，数据资料完整化，才能真正使计算机网络化在医院财务管理中发挥作用。
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